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かつて冷酷無比のテロリスト、キャスター･トロイによって狙撃され、その際に最愛の息子を失っているFBI捜査官ショーン･アーチャー。彼は飛行場での壮絶な追撃戦の末、ついにトロイを捕らえたが、トロイがLAのどこかに細菌爆弾を仕掛けている事が判明。当のトロイは植物人間となっており、唯一の情報源は獄中にいるトロイの弟ポラックスだけだった。FBI特殊班はアーチャーにトロイの顔を移植し外科的手術で本人そっくりに変えてから刑務所に潜入させポラックスから爆弾の設置場所を聞き出そうと提案。それは完全な極秘結計画として行われ、トロイの外観を得たアーチャーは、凶悪な犯罪者だけを収監した特殊刑務所に送られた。