宇宙世紀0093、ネオ･ジオン軍を再興し、その総帥となったシャア･アズナブルは、地球連邦に再度戦いを挑んだ。シャアは投降を条件に、連邦政府から小惑星･アクシズを手に入れ、それを地球に落とそうと画策。ブライト･ノア率いる地球のロンド･ベル隊は、その野望を阻止しようとアクシズに向かい、シャアのライバル、アムロ･レイもν(ミュー)ガンダムに乗って戦いに加わった。シャアは連邦政府高官の娘で、ニュータイプとして覚醒した少女、クェス･パラヤにモビル･アーマーを与え、戦線に投入。落下するアクシズの周囲で決戦が始まり、ν(ミュー)ガンダムもシャアのモビルスーツ･サザビーと対決を開始したが……。
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