太平洋戦争終結後、日本へ進駐したＧＨＱが最初に命じたのは「忍者」組織の解体だった。それにより全ての忍者は消滅したかに見えたが、彼らは世界中のあらゆる機関に潜伏し、現代でも暗躍していた。その数は約20万人と言われている。忍者組織「NIN(ニン)」に所属する末端忍者・雲隠九郎（下忍）。暇を持て余していた彼はある日、ある重大な“忍務(にんむ)”を言い渡される。それは戦後70年以上に渡り地下に潜り続けている、ある組織の動きを調べること。
その名は――「アンダーニンジャ」。忍術、知略、そして最新テクノロジー。すべてを駆使した、かつてない戦いが今、始まる――‼
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