遙か宇宙の彼方、トランスフォーム（変形）するロボット生命体トランスフォーマーが暮らすサイバトロン星。
変形能力を持たない、オプティマスプライム（オライオンパックス）とメガトロン（D-16）は固い友情で結ばれ、いつかヒーローになることを夢見て暮らしていた。ある日、偶然謎のSOS通信を発見した二人は、仲間のバンブルビー（B-127）とエリータ-1と共に、侵入が禁止されている地上世界に足を踏み出し、惑星全体を揺るがす恐ろしい陰謀と強大な敵の存在を知るのだった。
強大な敵に立ち向かうため、変形能力を授かったオプティマスとメガトロンだったが、二人の正義感には少しずつ隔たりが生まれつつあった。トランスフォーマー史上最大の激戦・サイバトロン星の戦いの始まりが迫る中、二人の友情がいま試される。
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