病気の妹・陽毬の命を救うため、謎のペンギン帽の命令により「ピングドラム」を探す高倉家の双子の兄弟・冠葉と晶馬。
自身の運命を信じて日記に書かれた出来事を実現しつづける荻野目苹果。新たな運命を導くため萃果の日記を手に入れようとする夏芽真砂子。大切な運命の人を取り戻すために目的を果たそうとする多蕗桂樹と時籠ゆり。彼らはそれぞれの運命と大切な人の為に「ピングドラム」を追い続けたのだった。
あれから10年——かつて運命を変える列車に乗り込んだ冠葉と晶馬が、運命の至る場所からひととき戻ってきた…。
謎の赤ちゃんペンギンに導かれるままに巨大な本棚で埋め尽くされた不思議な図書館へたどり着いた冠葉と晶馬。「ようこそ、運命の子供たちよ！」突然、本棚が割れて、ペンギン帽をかぶった少女が二人の前に現れる。「それはあなたたちの物語」図書館の司書を名乗る荻野目桃果は一冊の本とともに”大切な使命”を二人に授ける。「きっと何者かになれるお前たちに告げる。己のなすべきことを見つけ、この世界を救うのだ！」果たして冠葉と晶馬は何を見つけるのか…!?
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