最終決戦から２年後の地球。平和を取り戻したはずの地球に、再び怪獣が頻出する。時を同じくして世界各地で相次ぐ、超古代遺跡への侵入事件。トキオカ新隊長を迎えたエキスパートチーム「GUTS-SELECT」は、「ライラー」と名乗るその一味を確保して調査を進めていた―。それはこの宇宙の運命を握る壮絶な戦いの序章だった。立ち向かう「GUTS-SELECT」、さっそうと駆け付ける「ウルトラマンゼット」、そしてその中心で奮闘する主人公マナカ ケンゴこと「ウルトラマントリガー」の前に、影を継ぐ最悪の巨人「イーヴィルトリガー」がその禍々しい姿を現す！みんなの笑顔を守るため、ウルトラマントリガーが、ハルキ＝ウルトラマンゼットやイグニス（演：細貝圭）＝トリガーダークが、新生「GUTS-SELECT」のメンバーたちとともに、光と影の大決戦へと挑んで行く！
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