舞台となるのは、巨大複合企業＜アンブレラ社＞の拠点がある街、ラクーンシティ。この街の孤児院で育った主人公クレア・レッドフィールドは、＜アンブレラ社＞がある事故を起こしたことで、街に異変が起きていると警告する不可解なメッセージを受け取り、ラクーンシティへと戻ってきた。
ラクーン市警（R.P.D）の兄クリス・レッドフィールドはクレアの言うことをありえない陰謀論とあしらうが、やがて二人は街中を彷徨う住民たちの変わり果てた姿を目の当たりにする。次々と襲い掛かってくる住民たち。そんな中、二人は＜アンブレラ社＞が秘密裏に人体実験を行ってきたことを知るが……。
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