日本軍の大将山本五十六率いる山口多聞や南雲忠一の艦隊が真珠湾を壊滅させた激しい攻撃の後、エリートパイロットのディックと彼の隊は敵を追跡するよう戦艦エンタープライズの艦長ハルゼーより命を受ける。一方で、何としてでも日本軍を仕留めたいUS軍はニミッツ最高司令官とレイトン少佐が日本軍の戦略を分析していた。かくして、日米2か国の名誉をかけた激しい戦いが、次なる戦闘の地、ミッドウェイへと向けられる。お互いの戦況が変わる中、ディック率いる上空から攻撃をする戦闘機の空中戦と、山口艦長や南雲艦長率いる海上からの戦艦の砲撃の壮絶なる攻撃の応酬で、ミッドウェイでの勝利に対する両国の戦力と不屈の精神が試されていく。
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