佃島の寿司屋の一人息子であり天才科学者の雄太は、神社に奉納用のネタを過って隅田川に落としてしまった。すると食材が変異し巨大タコとなって東京に出現。タコは自衛隊の火器攻撃にびくともせず、都内を破壊しまくる。更に追い打ちをかけるように巨大イカも出現し、両者の壮絶な激突で東京はパニック状態に。政府は科学者など識者を総動員し、よりすぐりのメンバーでシーフード怪獣攻撃部隊（seafood monster attack team=SMAT）を結成。しかし、イカ、タコに続いて巨大カニまでも参戦し、このままでは東京は壊滅してしまう。三大怪獣を国立競技場で海鮮丼にすべく、SMATの決死の作戦が開始される!!果たして東京の運命やイカに…!?
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