ピーターは夏休みに、学校の友人たちとヨーロッパ旅行に出かける。しかしそこでニック・フューリーが突如現れ、ピーターにミッションを与える。目の前に立ちはだかる危機の大きさに、「僕はただの“隣人”だ」とピーターは怖気づくが、ニックはその使命をスパイダーマンに託す。ヴェネチア、ベルリン、ロンドンといったヨーロッパ都市をはじめ、各国を危機に陥れるのは、炎や水など自然の力を操るクリーチャーたち。世界に危機が迫る中、ベックと呼ばれる人物をニックはピーターに引き合わせる。“別の世界”から来たという彼もまた、ピーターと共に敵に立ち向かっていく。ベックは、マーベル・コミックでは「ミステリオ」として知られる人物。本作では味方となるのか、それとも――。そしてこの戦いに、ソーやキャプテン・マーベルの力は借りられない。ピーター＝スパイダーマンはこの危機をどう乗り越えていくのか？今、世界は彼に託される・・！
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